Avancerade tekniker inom DNA- och RNA-sekvensering har på ett dramatiskt sätt öppnat upp för att kunna studera enskilda celler i vävnader på ett mer genomgripande sätt än som tidigare var möjligt.
–Ett sätt att använda sekvensering är när man mäter genaktiviteten i enskilda celler. Det är viktigt till exempel när man analyserar sällsynta celltyper eller vill skilja cancerceller från normala celler. För att kunna få en ordentlig bild krävs att man undersöker tusentals celler, vilket i sin tur skapar enorma mängder numerisk data, säger Shamit Soneji, forskare vid Lunds universitet.
Den stora utmaningen med sekvenseringsteknikerna är att de skapar stora mängder data och kräver omfattande databehandling för att man ska kunna förstå de komplexa biologiska processerna och tolka all information. Analysen görs av specialister – bioinformatiker – vilka skriver och skapar den mjukvara som krävs för detta.
Men Shamit Soneji, som själv är bioinformatiker, har upptäckt behovet av mer interaktiva och åskådliga metoder för att visualisera data så att forskare själva – utan kunskaper i bioinformatik – lättare ska kunna analysera informationen. Han kontaktade därför Lunds Tekniska Högskola (LTH) för att inleda samarbetsprojektet med hjälp av deras experter inom VR:
–Shamit Sonejis initiativ visar vilken oerhörd potential VR-tekniken bär på. Att kunna gå runt i sin egen data och manipulera den på ett intuitivt och smidigt sätt ger en helt annan förståelse. Jag skulle faktiskt gå så långt som att påstå att man tänker annorlunda i VR, tack vare teknikens unika förmåga att involvera kroppen i analysarbetet, säger Mattias Wallergård, forskare på LTH inom interaktionsdesign med fokus på VR.
Arbetet har utmynnat i mjukvaran CellexalVR som är en virtuell verklighetsmiljö vilken gör det möjligt för forskare att med intuitiva verktyg, utforska all sin data på ett och samma ställe. 3D-kartor byggs upp över de cellpopulationer som utvunnits från den genetiska och mycket komplicerade informationen och forskaren kan tydligt se vilka gener som är aktiva när vissa celltyper bildas. Med hjälp av VR-glasögon ser forskaren hela universumet av cellpopulationer framför sina ögon och kan med två handkontroller välja ut intressanta celler från dessa interaktiva 3D-kartor se hur celler relaterar till varandra och därmed skilja sjuka celler från friska.
