Webbläsaren som du använder stöds inte av denna webbplats. Alla versioner av Internet Explorer stöds inte längre, av oss eller Microsoft (läs mer här: * https://www.microsoft.com/en-us/microsoft-365/windows/end-of-ie-support).

Var god och använd en modern webbläsare för att ta del av denna webbplats, som t.ex. nyaste versioner av Edge, Chrome, Firefox eller Safari osv.

Evolutionary genomics of host-microbe interactions

In English

Författare

  • Elin Videvall

Summary, in Swedish

Mikrober finns överallt, runt omkring oss i vår miljö och inuti våra kroppar. De som lever tillsammans med djur har mycket stor påverkan på värdens hälsa och evolutionära fitness. Från ett djurs perspektiv är vissa mikrober goda, andra onda, och vissa har ingen större påverkan på hälsan, men egentligen beror dessa egenskaper på sammanhanget, eftersom det är vanligt att mikrober byter strategi till det som passar stunden bäst. Vi har tyvärr väldigt lite kunskap om hur värdar interagerar molekylärt med olika mikrober, och få studier har gjorts ur ett genomiskt perspektiv på djur som inte tillhör de klassiska studieorganismerna. I denna doktorsavhandling undersöker jag interaktioner mellan mikrober och värdar från flera vinklar, och jag använder mig av nya DNA-sekvenseringstekniker för att illustrera en övergripande bild av förhållandet mellan djur och deras mikrober. Mitt avhandlingsarbete omfattar två stora projekt, 1) värd-mikrobiom interaktioner och 2) värd-parasit interaktioner. I det första projektet har jag utvärderat hur man bäst kan provta och mäta mikrobiomet i magen hos fåglar (Kapitel I och II). Olika delar av mag-tarmkanalen analyserades på DNA och visade sig innehålla samhällen av olika mikrober (Kapitel I, II och IV). Jag har sedan kunnat visa att strutsungars mikrobiom koloniseras på ett successivt sätt och gradvis mognar över tid (Kapitel III), samt att mikrobiomet är starkt kopplat till både tillväxt och dödlighet (Kapitel III och IV). I det andra projektet beskrev jag fåglars transkriptom (totala genuttryck) i respons mot en malaria-infektion över tid och i respons mot parasiter med olika virulens (Kapitel V och VI). Fåglar med malariainfektion sätter igång en rad förändringar i sitt genuttryck som involverar till exempel immunsystemet, stressresponsen, regleringen av celldöd och regulatoriska gener. För att utvärdera den molekylära responsen hos malariaparasiter byggde jag ihop transkriptomet av Plasmodium ashfordi och kunde visa att genuttryck hos parasiten är specifik beroende på vilken värd den befinner sig i (Kapitel VII). Detta transkriptom användes därefter, tillsammans med ett genom av Haemoproteus tartakovskyi, för att konstruera ett fylogenetiskt träd av blodparasiter som resulterade i starka bevis för att malariaparasiter som infekterar människor är närmare släkt däggdjursparasiter än fågelparasiter (Kapitel VIII). Slutligen använde jag både parasit-transkriptomet samt genomet för att identifiera vitamin B1-gener i fågelparasiter (Kapitel IX) och för att visa att malariaparasiterna som infekterar fåglar är de eukaryoter som uppvisar de mest AT-rika generna (Kapitel X). Sammanfattningsvis innebär detta arbete nya insikter inom de molekylära interaktioner som äger rum mellan värdar och mikrobiom samt mellan värdar och parasiter. Denna nyvunna kunskap möjliggör en större förståelse för det mångfacetterade förhållandet mellan värdar och deras mikrober.

Publiceringsår

2018

Språk

Engelska

Dokumenttyp

Doktorsavhandling

Förlag

Lund University, Faculty of Science, Department of Biology

Ämne

  • Biological Sciences

Nyckelord

  • host
  • microbiota
  • avian malaria
  • ostrich
  • parasite
  • dual RNA-seq

Aktiv

Published

Projekt

  • Malaria in birds
  • Social Evolution

Forskningsgrupp

  • Molecular Ecology and Evolution Lab

ISBN/ISSN/Övrigt

  • ISBN: 978-91-7753-578-2
  • ISBN: 978-91-7753-577-5

Försvarsdatum

6 april 2018

Försvarstid

13:00

Försvarsplats

Lecture hall “Blå hallen”, Ecology building, Sölvegatan 37, Lund

Opponent

  • Susan Perkins (Dr.)